或许能在真正的天空相遇……
1995年9月上映的《超时空要塞PLUS》电影版全长100分钟，基本上是以录像带版再编辑而成，可见录像带版的素质之高。它的空战镜头紧凑、画工精良，但最大的突破在于其大量引入电脑动画，在莎朗的演唱会几乎将电脑动画表现无遗。同时其所使用的配乐十分特殊，有点类似宗教的圣乐。在篇头的清唱版（Voices）配以青绿的风景，带给人无上的意境，就像在倾吐一段思念、一段无尽的心事一般。
第一个词语是梦想棗
从沉睡中，把我内心的秘密悄悄地带出来。
第二个词语是风棗
告诉我前方的路，让我摆动翅膀飞向上苍。
悲伤的往事，随着时光流逝，
金色的苹果又有一个掉下来……
在那遥远的地方，有我从未见过的景象，
那最终的归宿，正等待着第一个生命的造访。
在这月色幽静的夜晚，抱着将来能遇到的预感；
在这月色幽静的夜晚，把古老的魔法在心中咏唱。
You Can Fly
We Have Dreams；
We Can Tonch
Your Dreams；
Only Fly，So Far
To the Wind，In the Night。
第三个词语是……
侧耳倾听你温柔的话语，你的手臂为何颤抖 。
请你把它举起，
请勇敢的朝向我，把它向我开放。
碧蓝的天空下，是一望无垠的绿色草原，洁白的风车轻轻转动着，仿佛在侧耳倾听这支少女心底的歌。和着旋律，风翩翩起舞，两个少年踏着自制的人力滑翔机，像是要追逐风的脚步一样疾驰而过，借着一瞬的上升气流爬上了天际。绿发的少年摔倒在地
上，望着天空中的伙伴，露出了微笑，红发的少年全神贯注的凝视前方，与滑翔机一起溶入天空，投进风的怀抱，像一只展翅飞翔的翼手龙，徐徐飞向远方……
2013年4月，近距离移民船团开始依序出发，搜巡在太阳系周围100光年内的移民星球并定居。11月，在距太阳系11.7光年的恒星系中，发现了第一颗适合人类居住的行星命名为"伊甸"。
2040年，经过了近三十余年的星际殖民，地球棗天顶星联合政府已经控制了相当广大的星域，在为数众多的殖民地里，普罗多人的后裔们已经融合在了一起，微缩后的天顶星人与地球人杂居，经过两代的混血成为了一个种族。殖民地间偶有小规模的摩擦，也都大可以在控制范围以内得到调停。总体来说，社会已经进入了平稳发展的阶段，但是在那些边缘的地带，在那些尚未开发的星域里却也时常会有零星的战斗爆发。
在某个边缘的小行星带一个小队的变形战斗机正与一些天顶星逃兵冲突，此时的地球军早已将VF－11式战斗机作为凡用机来使用，比起从前的战机，VF－11无论是在性能还是火力上都有了质的飞跃，强大的火力配置可以在一瞬间毁灭整支部队。天顶星兵驾驶的则是POD的改进型PODⅡ，这是天顶星军中口碑相当不错的装甲，它的原型POD更是在第一次宇宙大战中出尽了风头，传说当年天顶星一级飞行员米丽娅就是乘着这种战机冲锋陷阵，所向披靡。但是再厚重的装甲也有被击穿的可能，再强大的火力瞄不准目标也是白搭，不管技术怎样革新，对于一架战机来说最重要的部件还是飞行员。在那些王牌机师面前，机种的优劣有时是可以忽略不记的，正因为如此，这场本来势均力敌的空中聚会被一架地球战机打乱了规矩，弄得乱七八糟。像是在表演杂技，这架VF－11不辞辛苦的做着各种高难动作，有意无意的避开一串串子弹，有时他会突然闯入队友的瞄准器里，抢先击落敌机，有时他竟敢隔着友机向敌人射击，它的子弹总能巧妙的避开同伙，击中敌人。尽管如此，面对这种大胆的做法，通讯回路里往往还是会响起同僚近乎于绝望的惨叫和类似于狂怒的谩骂，"勇，你这小子！回去后，我一定要亲手宰了你！"驾驶员对抗议充耳不闻，继续着自己的演出，所过之处，敌军和友军都乱作一团。
在将军的办公室里，勇遭到了严历的训斥，将军决定将这个屡教不改的飞行员调离部队，"疯子是不能留在战场上的，去做试飞员吧，那才是适合疯子的工作。""什么，要我去当试飞员？太谢谢你了舰长，我这就去报道。"红发的年青人竟然出乎意料的
感激，望着他兴奋的背影，舰长惊愕得一句话也说不出。
行星伊甸，是最早的移民星球，也是勇的故乡，自从2013年它被发现以来，数以亿计的移民来到这里开发建设。经过几十年的努力，拓荒者们依靠自己的双手建立起幸福的家园，伊甸也成为了殖民地中的佼佼者。沙漠中心座落着一个戒备森严的军事基地
，这里就是勇……F－11式服役的新机型，要求新机型性能上要比以前有较大的飞跃，甚至单机也可以进行超太空跳跃。通过投标，最后剩下的只有新星众工的YF－19和通用银河公司的YF－21，二者将在这里进行综合测试优胜者将获得项目，而勇就是YF－19的试飞员。门开了，一个身材魁梧的军人走了进来，青色的皮肤，绿色的头发，一看就知道具有天顶星人的血统。上校赶忙起身为两人介绍："中尉，这位是YF－21的试飞员，加鲁特这是勇戴逊中尉，他是刚刚来报道驾驶YF－1。"面对竞争对手，两人都是一愣。
测试工作是枯躁而紧张的，随时都会有生命危险，但勇的到来却使本来死气沉沉的基地，热闹起来。这个不守规矩的飞行员总是能带给大家意想不到的紧张状况，总是能在漫不经心中毁坏那些最精密的仪器，就拿他第一次上机来说吧，他以接近极限的速度回转，有时又突然关掉发动机令战机自由下落，所有的人都以为他在显示YF－19优异的性能，最后才发现他不过是想用航烟画一个翼手龙的涂鸦。这一系列疯狂的举动上校看在眼里却并不加以阻止，在他看来越是这样越能将机体的性能挖掘出来，既然连飞行员自己都不要命，自己又何必多事呢。将军的话不错，试飞员确实是适合疯子的工作。与勇形成鲜明的对比，加鲁特平日里少言寡语，行事稳重，与一般的飞机不同YF－21是采用最先进的脑控技术驱动，通过感应头盔将驾驶员的头部与飞机的操作系统相连，机翼由感受电磁波的记忆金属制成的，在允许范围内可以随驾驶员的意识而自由变形。当驾驶员坐上驾驶席后，他就与机体合为一体，必须杜绝杂念，全神贯注的飞行，也许是这个缘故，加鲁特经常被突发性的头痛困扰，有时还伴随有脑波紊乱的症状，但只有他自己清楚，造成这一切的是7年前的那件往事，罪魁祸首就是现在的竞争对手勇。
望着窗外的景色，美薇在逐渐理清思绪，7年了， 旧地重游的她比起当初已经成熟了许多，当年离开时还是个不谙世事一心要当大明星的小女孩，现如今做为莎朗……
摩托车的车灯照在两人的身上，坐在车上的是勇，他是带着机组的女同事露西出来兜风的，谁知会撞上这一幕，当勇看到美薇，他先是一愣，随即用嘲讽的口吻说："啊，这不是学园节的名星美薇小姐吗？什么时候成了加鲁特的女人？""你这小子！"加鲁特一把将他揪起来，"干吗，想打架吗？按老规矩！"，"住手！"美薇挡在两人之间，"七年了，为什么你们一点都没有变，住手吧，我已不是从前的我了，不值得你们这样做。"美薇哭着跑远了，加鲁特郑重的告诉勇："美薇和计划，我一样也不会让给你。"
几天后，勇、露西和YF－19的工程师杨诺文一道听了一场莎朗的音乐会，现场的气氛果然不同凡响，在音乐声中，莎朗的幻像忽隐忽现，行走在会场的各个角落，而莎朗似乎对勇特别感兴趣，在他身边转了好久才离去，当别人羡慕的望着勇时，坐在旁边的杨趁机用自己的"小发明"偷取了莎朗的感情程式。作为科研人员，再没有什么比人工智能更能吸引这位年轻的科学家了。而勇则陷入了迷惑之中，对这个幻觉的产物莎朗他并没有什么兴趣，但她的歌却有一种似曾相识的感觉，对了，有些像美薇的歌。
回到基地，杨发现萨朗的人工智能还远没有完成，而勇和加鲁特则接到了一段电话录音。录音说1个小时后， 演唱会现场将发生火情，美薇会遇到危险，勇认为是恶作剧没有加以理会，加鲁特则驾着车赶往现场。劳累的一天的美薇一个人在录音室里睡着了，醒来时发现自己被反锁在屋里，不知什么原因使电线短路，屋里起火了，美薇拼命的呼救，却没有人回答，浓烟中，加鲁特用肩膀撞开了房门，救出了美薇，萨朗的监视器在一旁默默的注视着两人离开。在加鲁特的寓所里，美薇苏醒过来，望着加鲁特身上的血迹，她不知道该说什么好，替加鲁特包扎好伤口，两人陷入良久的对视……
第二天早上，在基地的咖啡厅里，加鲁特告诉勇现在只剩下项目没分出胜负了。激愤之下，二人驾着战机在实验场上打了起来，不知为何枪里换上了实弹，勇的战机被击中，倒在了地上。
勇醒来时，发现自己躺在医院里，美薇正焦急的守候在床边，勇不愿像懦夫一样呆在床上，他带着美薇偷偷跑了出去。在树林里，两人回忆起小时候的往事："那时候，勇你骗我说水塘边有翼手龙的蛋，结果原来是三眼蛇的巢穴，幸好加鲁特带了枪……"美薇发觉失了言。两人在不经意间一直在回避加鲁特这个名字，但勇却并不在意，"是啊，聪明人就会带着枪，鲁莽的笨蛋就不同了，周全的办事永远都会被别人喜欢啊。"一只巨大的翼手龙从头顶飞过，两人不禁看出了神，"哈，你看到了吗？好大的一只呀。"，勇丢下美薇径自向前跑去，努力想要追上那天上飞翔的巨兽，望着他的背影，美薇喃喃地说"一点儿都没有改变。"
晚上，两人返回医院，看到了等在门口的露西和杨，此外还有愤怒的加鲁特。大雨中两个男人你一拳我一拳的打了起来，又是美薇阻止了两人，"不要打了，你们总是像傻瓜一样，不顾一切。可是我已经不值得你们这样。"美薇哭了，她告诉两人所谓莎朗艾普根本不能自己思考，是靠着与自己脑部相连而唱歌的，莎朗的歌就是她的歌。回到房中，杨惊奇的发现，存储在自己电脑中的感情程式竟然自动完成了，显示器上密密麻麻的都是勇的名字。
美薇走了，为了庆祝第一次宇宙大战胜利30周年，在地球要举行盛大的典礼，莎朗要在会上演歌助兴。在航空港，加鲁特前来为美薇送行，他把自己的护身符给了美薇，"一个星期后，项目就要最后决定了，那时我就去地球上接你，很久以来，一直有一种感觉，我似乎就是为了保护你而生的。"飞船上美薇打开了护身符，里面传出一阵熟悉的歌声"第一个词语是梦想……"这是她童年时爱唱的那首歌，美薇再也抑制不住自己的感情，泪水夺眶而出??
坏消息传来，军方一直秘密研制的"鬼魂X9"无人战机已经试制成功，并将在30周年大会上做现场表演，而YF－19和YF－21则被宣布终止研究。深夜，勇偷偷潜入机库，意外的发现杨也在这里，两人决定驾机去地球当着领导人们的面将鬼魂击败，以此证实YF－19的机能，由于YF-19能够单机进入跳跃状态，普通的战机是无法进行追捕的，米乔命令加鲁特驾驶YF－21去追击。"把你以前偷吃的午餐还我！""把你7年前借的CD还我！"两人一边翻旧帐一边在地球上空展开了最后的对决。缠斗中，加鲁特终于回忆起7年前失去理智的是自己，而不是勇。自己在事后失去了记忆，恢复理智后看到的是衣冠不整的美薇，所以一直认为勇是罪魁祸首。而美薇又不想让自己知道是他，才离开两人。
此时，在庆典典礼上，发生了意想不到的事情，莎朗自我有了知觉，原来是疯狂的研究员的马捷背地里开发了人格程式。莎朗开始行动了，她利用超时空要塞的中央电脑侵入了城市的各个系统中，在莎朗的歌声中所有的人都被催眠了。莎朗想要建立一个自己的王国，她将美薇关在了主控室里，并告诉美薇，它是从美薇这里获得了情感，火灾等一系列的事情都是它为了学习人类的感情而安排的。莎朗说出了美薇一直藏在心底的话，"我虽然爱加鲁特，但我更爱的人是勇，因为我爱她，所以我要击落他。你不明白做为飞行员，勇最大的梦想就是能在枪林弹雨中穿梭，飞行在生死一瞬之间，我可以满足他，你却没有这个能力。"在莎朗的操纵下，鬼怪向两人发起了攻击，YF－19和YF－21根本无法与其抗衡。加鲁特让勇先去救美薇，通过莎朗的话他已经明白了美薇的心意，但他一点儿也不后悔，他要用自己的全部去保护美薇。"勇，我先走一步了，照顾好美薇。"YF－21调过头去与鬼魂撞在了一起。悲奋的勇直扑超时空要塞，他要完成与死去朋友的约定，这也是他与自己的约定。YF－19自上而下，向一颗流星贯穿了超时空要塞的中心电脑室，莎朗的影象消失了，城市陷入一片黑暗之中。
清晨，美薇醒来，阳光透过打碎的天窗照射进来，一架孤独的战机在城市上空盘旋，像是在迎接新一天的到来。那是勇的战机，美薇露出了微笑，唱起了那支在心底埋藏已久的歌。
