20世纪初，生于日本岐阜县一户普通中产阶级家庭的杉原千亩（唐泽寿明 饰）违背父亲的意愿，决心从事语言方面的工作。在命运的驱使下，他接受日本外务省招募，这位有着卓越语言能力的年轻人很快掌握了俄语这门语言，从而踏上了一段不平凡的人生路。
1934年，供职于伪满洲国外交部的杉原依靠自身的语言能力和情报搜集能力经营起高效强大的情报网，从而帮助日本在和苏联就北满铁路经营权的谈判中占据主动，最终日本推翻了苏联高达6.25亿日元的报价，以1.4亿日元的价格签订了北满铁路的转让协议。当初搜集情报时他与关东军建立合作关系，谁知之后却遭到关东军背叛，从而失去了进行谍报工作的战友们。在此之后，杉原收拾行囊，黯然回国。
事业蹉跎的同时，爱情开花结果。杉原和朋友的妹妹幸子（小雪 饰）走入婚姻殿堂。此时此刻，杉原重整旗鼓，等待前往设立于莫斯科的日本大使馆赴任。苏联方面有鉴于杉原在北满铁路谈判期间的表现，对他的学识和情报能力颇为忌惮，因此将其认定为“不被欢迎之人（Persona Non Grata）”而禁止入境。
1939年，国际局势波谲云诡，地处欧洲各国角力中心的立陶宛占有重要的作用。杉原千亩奉命启程，成为日本驻立陶宛领事馆的负责人。在那里他重操旧业，通过迅速经营起来的情报网试探分析欧洲的局势，监视大国的一举一动。未过多久，德国向波兰发动闪电战，第二次世界大战就此拉开帷幕。残酷的种族清洗政策造就了令人无法卒睹的人间惨剧，成千上万的犹太难民为躲避纳粹的迫害，纷纷涌向立陶宛的日本领事馆，希望获得过境签证逃往第三国。
由于日本政府和德国纳粹同盟的关系，日本绝不允做出背弃同盟的行径。在残酷的战争面前，和政府力争无果的杉原千亩，其人性的一面占据了上风。他利用手中职权争分夺秒为难民颁发签证，却依旧赶不上难民增加的数量。短短一个月的夺命大营救，许多人的命运得到根本改变。
这是一段埋藏在历史尘埃中的“辛德勒名单”的故事，它理应被所有人所获知……
