《和谐》发生在《屠杀器官》结束后数十年。经历了「大灾祸」的世界动乱，人类终于实现以医疗经济为架构的全新社会，在全新统治机构「生府」的管理下，人人过着健康良好的日常，然而和平底下却是用纳米机械来监视人体的可悲生活，此时三名少女踏上了反抗这一切的道路。
“大災禍”という地球規模の混乱からようやく抜け出し、その反省から世界中が極度の健康志向と平和を目指す超高度医療社会に転向。ぬるま湯につかったような社会に反抗する少女ミァハは、まやかしの世界に反旗を翻すチャンスを狙っていた。ある日、彼女は自身のカリスマ性に魅了されて集まった少女2人と共に自殺を図る。
二十一世纪初，地球经历称为「大灾祸」的浩劫后，「生府」取代政府，成为至高无上的主宰；高举「社会中所有成员都必须对自己和他人的健康给予最大的尊重」为主旨，人的身体不再属于自己，成为珍贵的公共财产，藉由健康监控系统「WatchMe」与药物精制系统达到乌托邦的完美世界。
雾慧敦、御冷弥迦、零下堂希安三名少女因年纪尚轻，还未在体内安装「WatchMe」；其中弥迦聪明过人，对当下的社会形态抱持强烈的质疑，三名少女在她的主导下尝试自杀。
然而，她们的计划最后失败收场。主谋弥迦丧生，敦与希安则以各自的方式融入了社会。
十三年后，昔日和御冷弥迦一起自杀的雾慧敦，成为了WHO（世界保健机构）螺旋监察局的上级监察官。敦因违反禁令，以医疗资源换取违禁品——菸酒，被遣返故乡日本。她与希安重聚时，希安却突然在敦面前自杀！同时间，全世界竟有六千五百八十二人与希安一同自杀。事件背后，竟然隐约见到理应已不在人世的御冷弥迦的影子…
